El Centro de Investigación del Medio Ambiente de Cantabria se creó en junio de 1991 mediante la Ley 6/1991 de 26 de abril. Posteriormente se ha desarrollado con el decreto 46/1996 de 30 de mayo, y mediante el decreto 104/2015 de 6 de agosto, se establece el régimen de suplencias de la dirección del CIMA entre otros órganos.
Por el Decreto 55/2001, de 24 de julio, se estructuró orgánicamente el Centro de Investigación del Medio Ambiente, y con el Decreto 56/2001, de 24 de julio, se aprobaron las Relaciones de Puestos de Trabajo del mismo. La estructura orgánica y relación de puestos de trabajo actual del CIMA es la publicada en el Decreto 66/2006 de 8 de junio.
